Dom Przyrodników leży nad Motławą, przy ulicy Mariackiej w miejscu gdzie dochodzi ona do Długiego Pobrzeża; od ulicy Chlebnickiej dojście ulicą Dzianą; lub od ulicy Świętego Ducha dojście ulicą Mydlarską. Zmotoryzowani nie posiadający kart uprawniających do wjazdu na Stare Miasto winni pozostawić swe pojazdy na parkingu strzeżonym na ulicy Podwale Staromiejskie i Grobla III; przy ulicy Rycerskiej, bądź też przy kościele Świętej Brygidy.
Ulica Mariacka to chyba najpiękniejsze miejsce w Gdańsku, miejsce, gdzie spotkasz może sławnych malarzy, wiecznie zafascynowanych urodą tego zakątka, gdzie powstało wiele filmów, gdzie wreszcie zachował się niepowtarzalny urok dawnego miasta kupców i patrycjuszy. Od strony Motławy ulicę Mariacką zamyka Brama Mariacka, Która pochodzi z końca XV wieku i jest typowym przykładem obronnej budowli gotyckiej. Bogata fasada ozdobiona jest smukłymi profilowanymi arkadami i wieżyczkami wyposażonymi w wąskie otwory - strzelnice, po obu stronach budynku bramnego. Nad przejazdem umieszczono herby; pośrodku herb Polski, po obu stronach herby Gdańska i Prus Królewskich.
Wzniesiony u schyłku XVI wieku budynek według projektu Antoniego van Oberghena zwany Domem Przyrodników, oraz przyległa doń czteropiętrowa oficyna a także Bramę Mariacką zajmuje obecnie Muzeum Archeologiczne w Gdańsku. Dom Przyrodników to bodaj najwyższa z kamieniczek Głównego Miasta, z rzadko spotykanym w architekturze gdańskiej elementem - wykuszem, charakterystycznym wysokim przedprożem ( od ul. Mariackiej ) ozdobionym płytami kamiennymi, na których wyrzeźbiono postacie niewieście będące personifikacjami takich nauk jak Astronomia, Geografia, Medycyna i Przyroda, i wieżyczką zwieńczoną renesansowym hełmem. Wieżyczka ta jest też dość nietypowym elementem w tego typu budowli jak kamienica mieszczańska. Jej znaczenie praktyczne zawierało się w funkcji jaką spełniała - klatki schodowej, gdzie po krętych, kamiennych schodach liczni tragarze dźwigali drogocenne towary do składów położonych na wyższych piętrach. Jeszcze w XIX wieku były tu również pracownie i składy szewskie należące do potężnej korporacji, która eksportowała swoje wyroby do wielu krajów europejskich.
Z pierwszego założenia budynku zachowały się do dziś znaczne partie murów zewnętrznych, a także piwnice, w tym Sala Kolumnowa nazwana tak od dźwigających sklepienie granitowych kolumn, z których jedna osadzona jest na bazie pochodzącej prawdopodobnie z wczesnośredniowiecznej budowli kamiennej. Jak głosi tradycja istniała tu niegdyś gospoda o nazwie " Zielona Piwnica ". Nazwa domu ma związek z faktem jego zakupu w połowie 1845 roku przez Gdańskie Towarzystwo Przyrodnicze / Societas Physicas Experimetalis / powstałe w Gdańsku w 1743 roku, które następnie miało tu swoją siedzibę z salami posiedzeń pracowniami naukowymi, świetnymi zbiorami botanicznymi i słynną z wielu białych kruków biblioteką, która u progu XX wieku liczyła ponad 25000 tomów, przeważnie publikacji wydanych przez inne naukowe stowarzyszenia.
Zanim to jednak nastąpiło Towarzystwo Przyrodnicze rezydowało w reprezentacyjnej Zielonej Bramie pobudowanej przez gdańszczan dla królów Polski, z czego jednak ci ostatni nigdy nie skorzystali. Założycielem towarzystwa był Daniel Gralath wybitny fizyk i botanik gdański, Jakub Teodor Klein - kolekcjoner i przyrodnik, Mateusz Wolf - lekarz i astronom oraz Paweł Świetlicki - człowiek o wszechstronnych zainteresowaniach a nade wszystko świetny znawca języków obcych. Żywe kontakty z Towarzystwem Przyrodników utrzymywało wiele znanych osobistości, hrabiów, książąt, hetmanów, marszałków a nawet królów. Między innymi książe Aleksander Józef Jabłonowski będący fundatorem dorocznych nagród naukowych oraz Król August Poniatowski, który był ofiarodawcą brązowego popiersia Heweliusza. Mało kto wie, że to właśnie z inicjatywy Towarzystwa w roku 1904 utworzona została Politechnika Gdańska, która otrzymała też później większość owego słynnego księgozbioru. W latach 1866 -1867 członkowie tego Towarzystwa sfinansowali utworzenie w szczycie wieży schodowej Domu Przyrodników specjalnej kopuły, pod którą urządzono obserwatorium astronomiczne.
Cały budynek wzniesiony jest na wbitych głęboko w ziemię solidnych dębowych palach, co zabezpiecza go przed osiadaniem w grząskim bagiennym gruncie i wystawia jak najlepsze świadectwo o dawnym budownictwie.
